Air yang masuk ke Danau Toba sebagian besar berasal dari air hujan yang turun di seluruh daerah tangkapannya kemudian mengalir melalui berbagai saluran.
Sebagian airnya langsung turun di atas permukaan danau, sebagian lain mengalir melalui aliran permukaan atau masuk dahulu ke dalam sungai lalu mengalir ke danau dan sebagian lagi masuk ke dalam tanah lalu muncul sebagai mata air dan mengalir ke danau.
BACA JUGA:Imbangi PSMS, Pelatih YOB Puas Lihat Performa Anak Asuhnya
Tak hanya melalui hujan, sebagian kecil air masuk ke Danau Toba melalui DAS Renun yang airnya dimanfaatkan sebagai PLTA dan outputnya sebagian dialirkan ke Danau Toba dengan debit 10 – 13 m3/detik. Debit air yang mengalir ke Danau Toba pada kondisi normal berkisar antara 41,6 – 124,9 m3/detik dan berfluktuasi mengikuti pola curah hujan yang turun di atas DTA Toba.
Sebaliknya, air yang keluar dari danau Toba sebagian besar mengalir melalui outletnya yaitu Sungai Asahan dengan debit antara 85 – 94 m3/detik, sebagian kecil melalui penguapan secara langsung (evaporasi dari permukaan danau) dan melalui evapotranspirasi.
